1、掃描窗口右側快捷工具欄功能：
（1）掃描速度的選擇。掃描速度共分為十檔，1為掃描速度最快，噪聲最大；10為掃描速度最慢，噪聲最小。（可通過鼠標滾輪調整）
（2）縮放倍率。放大倍率可從4倍到100000倍連續可調。
（3）調整工作距離，用於聚焦使用。自動聚焦功能可在圖標上右擊鼠標，選擇自動聚焦。
（4）調整像散。軟件版本中有自動消像散的功能，可在圖標上右擊鼠標，選擇自動消像散。
（5）此功能為對比度/明暗度的手動調整。左右推動軌跡球為調整圖像對比度，上下推動軌跡球為調整明暗度。
（6）自動調節明亮對比功能，使圖片顯示最好的效果。
（7）此功能為束流強度(Beam Intensity)的調整。BI值的選擇決定了吸收電流的大小：BI值越大，吸收電流越大；BI值越小，吸收電流越小。一般在低倍數時使用較大的BI值，在高倍數時使用較小的BI值，或者鼠標右擊按鈕選擇自動。
（8）保存圖片。
2、正常掃描下鼠標的功能：
（1）在掃描窗口下雙擊鼠標左鍵打開或關閉聚焦窗口。（2）通過鼠標滾輪可改變掃描速度。（3）若電鏡在整個掃描窗口下掃描，點擊鼠標右鍵打開簡單程序控製菜單。（4）若電鏡僅在聚焦窗口掃描，則：按住鼠標右鍵並拖動光標可以改變聚焦窗口的尺寸；按住鼠標左鍵並拖動光標可以移動聚焦窗口的位置；在聚焦窗口上雙擊右鍵可以移動窗口至圖像的中間位置；在聚焦窗口外點擊鼠標右鍵打開簡單程序控製菜單。
本電鏡配置了自動樣品台，可進行以下的操作：對掃描窗口中所選對象點擊鼠標滾輪，可以移動所選對象到掃描窗口的中心；在所選對象上按住鼠標滾輪並拖動光標則可以將其移動到所選位置。
3、軌跡球的控製：
將軌跡球沿著X軸方向移動，可以改變當前功能的第一個參數，將軌跡球沿著Y軸方向移動，可以改變當前功能的第二個參數。與此同時，按住F11鍵，可以固定當前功能的第一個參數；按住F12鍵，可以固定當前功能的第二個參數。
4、基本操作步驟：
獲得任何一張圖片都必須經過尋找位置，放大，聚焦，消像散，調節對比度/亮度等操作，基本可以分為以下幾步：
（1）針對樣品，選擇合適的加速電壓，在“Wide Field”或“Field”模式下找到要觀察的樣品；
（2）在分辨率模式下，先在較低倍數下找到要觀察的部分，適當放大並聚焦；
（3）調節WD到適當的位置，聚焦；
（4）再放大，相應的調節Beam intensity、對比度/亮度等參數，再聚焦；
（5）直到希望的放大倍數，在這過程中保證要觀察的區域處於掃描窗口的中央；放大倍數的改變：點擊，左右滾動軌跡球，改變圖像的放大倍數；聚焦：點擊，左右滾動軌跡球聚焦，直至圖片清晰為止；
（6）若在聚焦的過程中，觀察物發生變形，此時就需要消像散；消像散：點擊，通過上下左右滾動軌跡球在調整像散，直至觀察物變形消失，此時，圖像可能會變得不清晰，需要再次聚焦；
（7）在聚焦過程中，如樣品位置出現較大的飄逸，說明物鏡光闌沒有對中，需要手動物鏡光闌對中；點擊“電子束信息欄”中“Adjustment”子菜單的“Manual Column Centering”，手動進行物鏡光闌對中；對中後，再次聚焦；
（8）圖像清晰後，調整對比度/亮度；可以通過點擊自動調整，也可以點擊，上下左右滾動軌跡球調整；
（9）最後通過鼠標滾輪調整合適的掃描速度，點擊，收集並保存照片。
5、操作及獲取圖像的要點
使用掃描電鏡的過程中，為獲得滿意的圖像，需要注意以下幾點：
（1）針對不同的試樣選擇合適的電子槍加速電壓。提高電壓可以使電子束的波長減小，有利於改善分辨率、提高信噪比。對於導電性好且不易受電子束損傷時可選用高加速電壓，可以得到高分辨率的圖片；對於導電性差，又不便噴金噴碳，還需保存樣品原貌的樣品容易產生充放電效應，此時選用低加速電壓以減少充、放電現象，提高圖像的分辨率；
（2）電子光學係統合軸良好能有效降低束斑尺寸、減小像差，提高分辨率。電子光學係統合軸包含電子槍與透鏡合軸、物鏡光闌與透鏡的合軸。電子槍合軸和透鏡合軸分別通過軟件“Auto Gun Centering”、“Auto Column Centering”實現；聚焦時若出現圖像漂移，需通過“Manual Column Centering”手動進行物鏡光闌合軸；
（3）工作距離（WD）：放大倍數越大，分辨率越高，則需要較短的工作距離，但是可觀察的景深會越來越短；有BSE探測器時，WD極限為8mm；BSE探測器搖出時，WD極限為5mm；
（4）改變束斑直徑（Spot Size）也可改變圖像的分辨率；通過改變Beam Intensity的大小來改變Spot Size；放大倍數越高，就需要越小的Beam Intensity，也就是Spot Size；
（5）有效消除物鏡的像散並精確聚焦方能得到清晰的圖像；
（6）合理選擇觀察視野及放大倍數，以確保圖像既具有研究內容又無遺漏或雜散景物的幹擾；
（7）調整好對比度及亮度，保證圖像細節清晰明暗適宜；
（8）對於表麵平坦的試樣進行高倍觀察時適當傾斜試樣可獲得較好的襯度；
（9）選擇合適的掃描速度。掃描速度的選擇應遵循低倍快掃、高倍慢掃的原則，同時兼顧導電好的慢掃，導電差的快掃以避免荷電效應。
